La conférence est présidée à tour de rôle par une des académies membres : celle ayant organisé dans sa ville la réunion qui se tient tous les deux ans en province ; son président préside le bureau de la Conférence nationale, assisté par un secrétaire général appartenant à la même académie. L'Académie désignée pour lui succéder fournit au bureau son vice-président (futur président) et son secrétaire général adjoint (futur secrétaire général). Le trésorier peut renouveler son mandat autant que nécessaire. Ainsi la transmission et des charges et le fonctionnement de la Conférence doivent-ils se dérouler harmonieusement. Au cours de l'assemblée générale, les académies qui souhaitent assumer le fonctionnement de la Conférence se font connaître et indiquent les années qui leur conviennent, souvent en fonction d'anniversaires importants ou d'opportunités locales. Après accord du bureau et de l'assemblée, l'académie qui reçoit la présidence assume l'organisation du congrès en province qui a lieu tous les deux ans (l'année intercalaire, l'Institut reçoit la Conférence). Pendant deux ans, l'académie qui préside à la responsabilité de la Conférence, notamment en ce qui concerne le secrétariat, les relations interacadémiques (courrier, liens formels et informels et en général toutes les initiatives qui, dans le respect des statuts peuvent améliorer le fonctionnement de la Conférence, renforcer sa cohérence, faire épanouir son esprit et contribuer à accroître son lustre). Elle a la responsabilité de la revue Akademos, en relation étroite avec le directeur de la publication, qui émane du comité éditorial. Elle veille notamment à la régularité de la parution. L'une des tâches essentielles du président est de faire respecter les statuts et d'éviter toute dérive. Dans cette perspective, il est l'interlocuteur qualifié de l'Institut ; il favorise également les contacts avec les académies étrangères qui poursuivent des objectifs comparables et spécialement dans les pays francophones.