La conférence est présidée à tour de rôle par une des académies membres : celle ayant organisé dans sa ville la réunion qui se tient tous les deux ans en province ; son président préside le bureau de la Conférence nationale, assisté par un secrétaire général appartenant à la même académie. L'Académie désignée pour lui succéder fournit au bureau son vice-président (futur président) et son secrétaire général adjoint (futur secrétaire général). Le trésorier peut renouveler son mandat autant que nécessaire. Ainsi la transmission et des charges et le fonctionnement de la Conférence doivent-ils se dérouler harmonieusement. Au cours de l'assemblée générale, les académies qui souhaitent assumer le fonctionnement de la Conférence se font connaître et indiquent les années qui leur conviennent, souvent en fonction d'anniversaires importants ou d'opportunités locales. Après accord du bureau et de l'assemblée, l'académie qui reçoit la présidence assume l'organisation du congrès en province qui a lieu tous les deux ans (l'année intercalaire, l'Institut reçoit la Conférence). Ont présidé la conférence : Médecin général Edmond REBOUL 1994 à 1996 Professeur LARCAN de l'académie de Stanislas de 1996 à 1998 Monsieur Patrice BONEFOUS de l'académie de Versailles de 1998 à 2000 Monsieur Charles MAVAUT de l'académie de La Rochelle de 2000 à 2002 Professeur Michel WORONOFF de l'académie de Besançon de 2002 à 2004 Professeur Jean-Claude REMY de l'académie d'Angers de 2004 à 2006 Professeur Daniel GRASSET de l'académie de Montpellier de 2006 à 2008 Professeur André LARONDE de l'académie Delphinale de 2008 à 2010 Pendant deux ans, l'académie qui préside à la responsabilité de la Conférence, notamment en ce qui concerne le secrétariat, les relations interacadémiques (courrier, liens formels et informels et en général toutes les initiatives qui, dans le respect des statuts peuvent améliorer le fonctionnement de la Conférence, renforcer sa cohérence, faire épanouir son esprit et contribuer à accroître son lustre). Elle a la responsabilité de la revue Akademos, en relation étroite avec le directeur de la publication, qui émane du comité éditorial. Elle veille notamment à la régularité de la paru L'une des tâches essentielles du président est de faire respecter les statuts et d'éviter toute dérive. Dans cette perspective, il est l'interlocuteur qualifié de l'Institut ; il favorise également les contacts avec les académies étrangères qui poursuivent des objectifs comparables et spécialement dans les pays francophones.