En juin 1752, les lettres patentes royales instaurent une " Académie des Sciences, Belles-Lettres et Arts en ville de Besançon " et accordent ainsi à la capitale comtoise une distinction analogue à ses voisines Nancy et Dijon. Cette Académie scellait le rattachement de la Franche-Comté au royaume de France.
L'éclat de cette Académie est marqué par la spécificité comtoise, pratique, voire pragmatique. Ainsi elle couronna en 1772 Parmentier, jugeant qu'il méritait la gratitude pour ses travaux et sa lutte contre le "fléau des disettes". On a dit que les Académiciens s'intéressaient aux faits plus qu'aux idées et s'ils parlent de réformes, c'est pour répondre à des exigences réelles plus qu'à des exigences rationnelles ou raisonnables. C'est une constante de cette académie ouverte , mais qui ne laisse passer les "lumières"qu'à travers le prisme du réalisme comtois.
Au XIX° siècle, elle distingua les écrivains comtois Joseph Droz et Xavier Marmier pour leurs travaux respectifs sur l'économie comtoise et les littératures nordiques. En 1827 elle accueillait un certain Victor Hugo, prouvant ainsi qu'elle n'était pas un cercle de gérontes.
Au XX° siècle, l'accroissement de la connaissance scientifique entraîna une nouvelle évolution et on trouve dans ses publications des conférences sur la radio, la télévision, la photographie, le bélinographe, la radioactivité, les particules élémentaires, les signaux horaires, la stabilité des locomotives, l'air liquide, les maladies, les diastases, la traduction mécanique, l'horlogerie mécanique puis électrique, la chirurgie, la guerre moderne...
L' Académie publie régulièrement des Procès-Verbaux et Mémoires qui constituent un patrimoine régional important. Elle s'associe des personalités nationales et internationales parmi lesquelles un prix Nobel.
Fidèle à sa tradition, l'Académie de Besançon poursuit son oeuvre d'épanouissement intellectuel et culturel. Ancrée dans son coin de province, elle est restée à la mesure humaine. L'Académie publie tous les deux ans un volume de "Procès-Verbaux et mémoires" . Elle publie aussi des "Mémoires et Documents inédits" relatifs à l'histoire de la Franche-Comté.